在氣調庫密閉后，保證庫內外壓力平衡的安全閥也是氣調庫必不可少的特有安全設施。安全閥可以防止庫內產生過大的正壓和負壓，使圍護結構及其氣密層免遭破壞。安全閥是利用水封原理制成的，其原理如圖2-20所示。

當氣調間內的氣體壓力因某種原因(如庫內外溫度的變化、氣調機的開啟)發生變化，壓差大于水封往高時，安全閥將起作用，直到壓差值等于或小于水封柱高時為止。安全閥的水封柱高應嚴格控制，不能過高或過低。過高易造成圍護結構及氣密層的破壞;過低雖然安全，但安全閥頻頻啟動，使庫外空氣大量進入，造成庫內氣體成分的波動。在氣調庫中，一般水封柱高調節在245Pa(25mmH2O)是較為合適的。

圖2-21為水封式安全閥結構示意圖。它具有結構簡單、工作可靠的特點，因此，廣泛應用于氣調庫中。