機組經過手動運行調試、自動元件和設備的試驗后，可進行自動調試。操作步驟為:開冷卻水泵，壓力穩定后開冷媒水泵，再開冷卻塔風機。將電控板上的操作鈕子從“手動”撥到“自動”位置。按“運行”按鈕，機組按電控程序自動開啟溶液泵、發生泵、冷劑水泵、供蒸氣的執行機構和蒸氣調節閥，實行自動供高壓蒸氣，機組投入運行。各泵之間開啟時間過早或過晚，用調整時間繼電器的方法解決。

機組手動和自動運行調試后，還要對冷水機組的制冷量進行核算。一般要求在冷媒水出口管道上安裝流量計，冷水機組工況穩定后才能進行測量。制冷量的核算，是根據測量的單位時間內冷媒水的流量讀數和冷媒水的進、出水溫差來計算的。其計算公式為:

    Q=G/T·C·?t

式中，Q為機組的制冷量，單位為kW; G為測量時間內所流經的冷媒水質量，單位為kg;T為測量所用的時間，單位為S; C為水的比熱，單位為kJ/kg℃ ; ?t為冷媒水進、出機組的溫差，單位為℃。

若通過檢查算得的制冷量小于機組規定的出率，要分析原因，進行排除。若難以消除而達不到設計要求，要與生產廠家聯系協商解決。若調試合格、制冷量達到要求，此項工程可交付單位使用。