在整個冷凍干燥過程中，真空系統(tǒng)工作時，主要用低溫泵在低溫表面上吸收氣體分子，從而達到抽氣目的，氣體并不被排到外界。目前真空領域普遍采用閉路循環(huán)氮壓縮機真空泵，較常用的有GTM和SALVY低溫泵。冷凍干燥的真空系統(tǒng)和普通的真空系統(tǒng)有所不同，冷凍干燥的真空系統(tǒng)不但要排除空氣，而且還要不斷地脫除升華出來的水蒸氣，并有一定的抽除速度要求。

    食品真空冷凍干燥設備中的真空系統(tǒng)有兩種，一種是不帶冷阱的水蒸氣噴射真空系統(tǒng)，另一種是帶有冷阱的油封式機械真空泵系統(tǒng)。為了避免因氣載太大，泵發(fā)熱和大量氣體吸收后飽和而不能工作的情況發(fā)生，一般配用前級泵把大量氣體抽除。